Dès l'origine du musée, ce fonds fut régulièrement enrichi par la collecte de spécialistes. Les différents remaniements du musée ont remisé ces collections qui sont à l'heure actuelle tenues en réserve.

• un ensemble de deux herbiers, l'un spécialisé en mousse, l'autre en flore locale ;
• un fond ornithologique avec le don du Docteur Guyot, composé de près de deux cents spécimens d'oiseaux sédentaires ou de passage du département de la Loire (oiseaux de proie, des champs, de marais et d'oiseaux maritimes) ;
• des insectes et divers petits mammifères de type européen naturalisés ;
• un fonds minéralogique (150 fragments de provenance locale et Madagascar, Afrique du Nord, Brésil, Etats-Unis).