Victimes d'une infestation, les momies ne sont malheureusement plus exposées.

Cette collection compte à ce jour près de 1.000 objets. Du Nouvel Empire à la Basse Epoque, les points forts sont constitués par quatre sarcophages complets, des momies humaines et animales, des masques funéraires, un bel ensemble de mobilier funéraire et de tissus des périodes pharaoniques et copte.

Les premiers furent acquis en 1845 : parmi eux, l'intéressante stèle d'Horiouah, XIIIe dynastie. On doit à Joseph Déchelette, en 1893, une donation exceptionnelle. Lors d'un voyage en Egypte, poussé par ses intérêts archéologiques, il avait acquis auprès du Musée de Gizeh un bel ensemble d'objets funéraires des XXe et XXIe dynasties, au total près de 250 pièces. S'ajoute à ces achats une série de 18 albums des photographes Langaki, Sebah, Bonfils témoignages des grands sites d'Egypte, Palestine, Tunis, Turquie et Grèce, Rome, Naples, Florence, Palerme.

En 1925, un autre généreux donateur anglais Philip Whiteway offre environ 70 pièces dont une stèle commémorative du mariage de Ramsès II, une statuette de reine (époque Nouvel Empire), un masque de momie d'époque romaine.

En 1991, le musée a obtenu les dépôts des musées de Cluny, Autun, Tournus, Bourg-lès-Valence, Vienne, Aix-les-Bains. Depuis lors la collection s'enrichit progressivement.

En 1991 toujours, une exposition temporaire met à l’honneur le fonds d’Antiquités égyptiennes du musée et permet le dépôt, par d’autres musées régionaux, de trois autres momies féminines. Victimes d’une infestation en 2012, ces pièces ont été soigneusement restaurées en 2014 et 2015 et ne sont malheureusement, pour l'instant, plus exposées aux visiteurs.